این منطقه حدود ۶۷۰ هزار هکتار (۶٬۷۰۰ کیلومترمربع) وسعت دارد که ۴۲۰ هزار هکتار آن پارک ملی و ۲۵۰ هزار هکتار منطقه حفاظت‌شده است.
حیات جانوری این منطقه در گذشته به قدری متنوع و پرشمار بود که به «آفریقای کوچک» و «سرنگتی ایران» شهرت داشت. امروزه نیز هرچند از غنای حیات وحش آن تا حد زیادی کاسته شده اما هنوز هم تقریباً تمامی انواع حیوانات بیابان‌زی ایران را در خود جای داده است و به همین دلیل به عنوان یکی از ۹ ذخیره‌گاه زیست‌کره در ایران است.
این منطقه از سال ۱۳۴۳ «کانون شکار ایران» ـ که بعدها به سازمان حفاظت محیط زیست تبدیل شد ـ قرار گرفت؛ و از سال ۱۳۵۵ به رده حفاظتی بالاتر پارک ملی ارتقا یافت. در سال ۱۳۵۷ با کاهش بخش‌هایی از شمال و افزایش بخش‌هایی در جنوب، مساحت آن به ۶۷۰ هزار کیلومترمربع رسید و در سال ۱۳۶۱ به دو بخش «پارک ملی» به وسعت ۴۲۰ هزار هکتار شامل منطقه سیاه‌کوه، نخجیر، سفیدآب و «منطقه حفاظت‌شده» به وسعت ۲۵۰ هزار هکتار شامل دشت‌های مکوش، سیاه‌پرده، پرده‌زرد و ارتفاعات دوازده امام و نره‌خرکوه تقسیم شد.
پارک ملی کویر، تنها پارک ملی در ایران است که به گفته سازمان محیط زیست در آن هیچگونه سکونتگاه انسانی، معدنی و پروانه چرای دام وجود ندارد.
